A mi me funciona perfectamente la opción de parada, por lo que me dices puede ser un problema de bloqueo del arduino o de la biblioteca que uso para manejar el arduino, ya que si tienes que cerrar y volver a abrir el programa es un problema externo a el.
En estos días de pruebas de la nueva versión he visto un problema con la biblioteca que maneja el puerto serie en java (por eso el retraso en la salida de la nueva versión), que hay veces que entra en bloqueo sin tener que hacerlo, es posible que esa versión este sufriendo esos problemas, ahora estoy analizando si es mejor cambiar de biblioteca.
