Hola soko, esto no es muy raro que ocurra, ya que por ejemplo la cabeza de tigre que yo hice hace lo mismo, hace pasadas barriendo el eje X, con lo que el Y se utiliza mucho menos.
Para poder hacer esto lo primero que hay que hacer es cambiar la electrónica, asignando un pin a cada una de las entradas enable de los drivers, y luego cambiar el firmware para que las trate por separado, en el programa hay que tocar poca cosa.
Ahora como bien sabes y has dicho el que este siempre encendido es para garantizar la posición, con lo que hay que asegurarse que no hay ningún movimiento del eje, aunque parezca que las láser son mas ligeras, el simple hecho del empuje del motor podría hacer que se moviese algo, también hay que tener en cuenta que tendrás que tener la maquina bien nivelada, yo ahora la mía la tengo a desnivel y cuando muevo el eje Y siempre cambia la posición una vez que se para, en cambio mecanizando lo hace bien por tener los motores encendidos.
Me miro el firmware a ver como esta de complicado, y te digo algo.
