Descartado lo del driver, a mi se me ocurre que puedes tener alguna holgura en tu maquina... por ejemplo en la mía tengo holgura en el extremo +X, hacia el 0X no tengo holgura, entonces me pasa como a ti, los cuadrados salen bien, pero los círculos no.
Por ejemplo si hago un circulo partiendo como cero en la coordenadas X10,0 sale bien, pero a la derecha con el cero en X 300,0 sale mal, ovalados.
Lo mismo puede suceder solo si las correas noe stan lo suficientemente tensas, cosa que también me sucedió. Revisa que tus correas estén bien tensas, que no hayan holguras entre rodamientos.
Pd. pon algunas fotos de tu maquina y lo que haz probado, esos cuadrados y figuras circulares