No estoy muy seguro, pero creo que esa opción es para cuando se busca la posición del home, no cuando se vuelve al origen, que es lo que pregunta elcaviar.
Yo cuando pulso ir al origen, se me mueven todos los ejes a la vez para ir a la posición 0,0,0. En cncControl hay un botón que hace que se vuelva al origen solo los ejes x e y. Es el que suelo usar yo.